如何通過LC-MS/MS高效識別組蛋白PTMs檢測技術(shù)服務(wù)詳情介紹

組蛋白翻譯后修飾（Post-translational Modifications, PTMs）是調(diào)控染色質(zhì)結(jié)構(gòu)與基因表達的核心機制之一。乙酰化、甲基化、磷酸化、泛素化等PTMs共同構(gòu)成所謂的“組蛋白密碼”（histone code），對細胞分化、癌癥發(fā)生、干細胞命運等生物學(xué)過程具有深遠影響。然而，組蛋白PTMs結(jié)構(gòu)復(fù)雜、種類繁多、修飾位點密集且常常共存，傳統(tǒng)檢測手段難以勝任高通量和高分辨率分析，液相色譜-串聯(lián)質(zhì)譜（LC-MS/MS）成為研究組蛋白PTMs的核心技術(shù)手段。

一、選擇LC-MS/MS分析組蛋白PTMs的原因

1、 高靈敏度識別低豐度修飾

某些PTMs（如三甲基化或單泛素化）存在水平極低，常規(guī)方法難以檢測。LC-MS/MS通過串聯(lián)質(zhì)譜可捕捉低豐度肽段及其特征離子，實現(xiàn)對稀有修飾的jīngzhǔn識別。

2、 高通量、多修飾共檢測

質(zhì)譜不僅可以同時識別多種PTMs，還能解析多重修飾共存（combinatorial PTMs），有助于還原真實的表觀調(diào)控狀態(tài)。

3、 位點分辨率強，定量能力優(yōu)

結(jié)合特定酶切策略和標簽定量方法（如TMT/iTRAQ），LC-MS/MS不僅可定位具體修飾位點，還可實現(xiàn)不同處理組間的相對或juéduì定量分析。

二、組蛋白PTMs LC-MS/MS分析的核心技術(shù)流程

1、 樣本準備：從細胞核提取到組蛋白純化

（1）細胞裂解及核提取

通過超聲或溫和裂解方法富集細胞核。

（2）組蛋白提取

使用酸提法（HCl 或硫酸萃?。┨崛A性組蛋白。

（3）組蛋白純化

可進一步使用SDS-PAGE或HPLC分離不同亞型（如H3.1、H3.3）。

2、 特異性酶切：打破修飾位點解析瓶頸

由于組蛋白富含賴氨酸和jīngānsuān，常規(guī)酶（如Trypsin）會產(chǎn)生過短的肽段，影響位點解析。推薦使用：

（1）GluC + Trypsin 聯(lián)合酶切

（2）AspN 或 ArgC 替代酶策略

（3）化學(xué)衍生修飾保護策略

如利用丙?；?丁?；忾]未修飾賴氨酸，提升可解析性。

3、 PTM富集策略：增強低豐度信號

（1）抗體富集

特異性抗體pull-down（如抗H3K27ac）。

（2）TiO?、IMAC富集

磷酸化肽段選擇性吸附。

（3）化學(xué)衍生與穩(wěn)定同位素標記

提高檢測覆蓋度和定量精度。

4、 LC-MS/MS檢測與數(shù)據(jù)采集

（1）LC系統(tǒng)

納升流HPLC結(jié)合C18柱。

（2）質(zhì)譜平臺

推薦使用Orbitrap Fusion Lumos 或 timsTOF Pro。

（3）采集模式

DDA（數(shù)據(jù)yīlàicǎi集）適用于探索型研究；DIA（數(shù)據(jù)無yīlàicǎi集）適用于已知靶標的高通量定量。

三、數(shù)據(jù)解析：如何jīngquè識別和注釋組蛋白PTMs

1、 數(shù)據(jù)搜索引擎

（1）常用軟件

MaxQuant、Proteome Discoverer、MSFragger 支持修飾位點鑒定與定位概率打分。

（2）數(shù)據(jù)庫支持

可使用 Unimod 數(shù)據(jù)庫擴展識別的修飾種類。

2、 多修飾位點的組合注釋

同一肽段常存在多種修飾，推薦使用 Spectronaut 或 PEAKS Studio 進行組合模式匹配分析。

3、 定量分析

（1）Label-free定量（LFQ）

適用于探索性研究。

（2）TMT/iTRAQ標記

適合多組樣本并行分析，提升定量一致性。

四、組蛋白PTMs選擇LC-MS/MS分析常見挑戰(zhàn)與解決策略

組蛋白PTMs的識別正從“只能看見”邁向“jīngzhǔn定量+組合解讀”的新階段。LC-MS/MS無疑是這場轉(zhuǎn)變的中堅技術(shù)。百泰派克生物科技致力于為科研客戶提供可信賴、高通量、高精度的組蛋白修飾檢測服務(wù)，助力每一個實驗走得更深、更遠。如您有項目需求或希望獲取免費方案建議，歡迎隨時聯(lián)系我們的技術(shù)團隊。我們將為您量身定制zuì合適的組蛋白PTMs研究策略。

百泰派克生物科技特色項目

一、蛋白測序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質(zhì)譜儀及島津公司埃德曼降解測序系統(tǒng)對dànbáizhì序列進行分析，提供基于質(zhì)譜的蛋白測序分析服務(wù)，包括對dànbáizhì的氨基酸組成分析，Nduāncèxù，Cduāncèxù和全序列分析，以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務(wù)。對于未知理論序列的dànbáizhì，提供基于從頭測序法的dànbáizhì從頭測序服務(wù)，對蛋白序列進行分析。

※服務(wù)優(yōu)勢：

1.采用目前世界上*的質(zhì)譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實現(xiàn)對所測定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測定蛋白N端多達 70個氨基酸序列;

4.可測定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測;

6.測序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響。

二、蛋白zhìzǔxué

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質(zhì)譜平臺結(jié)合Nano-LC，提供定量蛋白zhìzǔxué、bǎxiàngdàn白zhìzǔxué、多肽組學(xué)、翻譯后修飾蛋白組學(xué)等多種蛋白zhìzǔxué分析服務(wù)。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白zhìzǔxué服務(wù)，助力微量樣本蛋白組學(xué)、大樣本群醫(yī)學(xué)及高通量修飾組學(xué)等研究工作。

※服務(wù)優(yōu)勢：

1 .高通量定量蛋白分析:多對照組大規(guī)模實驗分析，發(fā)現(xiàn)新的生物標記物;

2.體內(nèi)體外多種dànbáizhì標記方法，適用于分析組織、細胞、血液等多種樣品;

3.質(zhì)譜分析靈敏度高，實驗結(jié)果重復(fù)度高;

4.可檢測較低豐度蛋白，線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學(xué)分析，分析更系統(tǒng)準確。

三、單細胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質(zhì)譜流式系統(tǒng)進行單細胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析，采用金屬元素標記物（通常是金屬元素標記的特異抗體）標記細胞表面和內(nèi)部的分子，然后用流式細胞原理分離單個細胞，再用電感耦合等離子體質(zhì)譜（ICP-MS）分析單個細胞的原子質(zhì)量譜，zuì后將原子質(zhì)量譜數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為細胞表面和內(nèi)部的信號分子表達量。

※服務(wù)優(yōu)勢：

1.技術(shù)*，*技術(shù)空白

采用金屬標記抗體技術(shù)，避免了傳統(tǒng)流式熒光通道少且易相互影響的問題。可在單細胞層面上對多種指標同時進行表征，百泰派克生物科技可做到同時檢測51個目標蛋白。

2.分析數(shù)量大，成本較低

單細胞RNAseq受成本等因素限制，所有樣本細胞匯總的分析數(shù)目一般在2x10^4個左右，而流式質(zhì)譜技術(shù)一次（單樣本）就可分析至少10^5的細胞，實現(xiàn)了數(shù)量級的提高，且成本不高于單細胞RNAseq。

3.應(yīng)用前景大

①流式質(zhì)譜結(jié)果可以給出細胞亞群的變化，在臨床診斷、疾病機制研究等方面具有極大的研究前景；

②將金屬標簽技術(shù)與其他技術(shù)結(jié)合會有新應(yīng)用方向。除常規(guī)蛋白外，質(zhì)譜流式細胞技術(shù)還可用于蛋白翻譯后修飾；

③可檢測細胞存活率、細胞大小、mRNA轉(zhuǎn)錄子表達量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)

百泰派克生物科技的基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實現(xiàn)10,000個以上I型多肽和10,000個以上II型多肽的鑒定和識別。通過我們優(yōu)化的高通量免疫多肽組學(xué)分析平臺進行免疫肽組學(xué)分析，可從zuì小的樣品材料中進行可重復(fù)的識別和定量。該服務(wù)可以應(yīng)用于大規(guī)模的研究，旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標。

五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質(zhì)譜技術(shù)，MALDI TOF，高效色譜分離技術(shù)，提供一系列完善的生物藥物分析方案，從dànbáizhì、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級結(jié)構(gòu)分析，到產(chǎn)品變異性和純度分析。旨在提供優(yōu)質(zhì)生物藥物分析服務(wù)，幫助生物醫(yī)藥生產(chǎn)商提高生物藥物品質(zhì)。

百泰派克生物科技七大檢測平臺

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物質(zhì)譜多組學(xué)優(yōu)質(zhì)服務(wù)商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫(yī)療器械行業(yè)提供質(zhì)量控制檢測和項目驗證等zhuānyè服務(wù)。公司實驗室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規(guī)和指導(dǎo)原則，通過CNAS/ISO9001雙重質(zhì)量體系認證，建立了完備的質(zhì)量體系，數(shù)據(jù)冷熱/異地備份，設(shè)備定期計量/期間核查，軟件審計追蹤，為客戶提供一體化解決方案和技術(shù)服務(wù)，支持新藥研發(fā)、藥物申報注冊和生產(chǎn)放行。

1.公司采用ISO9001質(zhì)量控制體系，zhuānyè提供以質(zhì)譜為基礎(chǔ)的CRO檢測分析服務(wù)；

2.獲國家CNAS實驗室認可，為客戶提供符合*藥政法規(guī)的藥物質(zhì)量研究服務(wù)；

3.業(yè)務(wù)范圍覆蓋蛋白zhìzǔxué、多肽組學(xué)、代謝組學(xué)、生物藥物表征、單細胞分析、單細胞質(zhì)譜流式、生信云分析以及多組學(xué)生物質(zhì)譜整合分析等；

4.七大質(zhì)量控制檢測平臺，滿足您一站式服務(wù)需求；

5.服務(wù)3000+企業(yè)，10000+客戶的選擇；

6.致力于為您提供優(yōu)質(zhì)的生物質(zhì)譜分析服務(wù)!

如何通過LC-MS/MS高效識別組蛋白PTMs檢測技術(shù)服務(wù)詳情介紹