LC-MS/MS技術(shù)下的組蛋白修飾分析步驟詳解檢測技術(shù)服務(wù)詳情介紹

組蛋白翻譯后修飾（post-translational modifications, PTMs）是染色質(zhì)動態(tài)調(diào)控的核心機制之一，其種類繁多（如乙?；⒓谆?、磷酸化等），對基因表達、細胞命運和發(fā)育進程具有深遠影響。近年來，液相色譜串聯(lián)質(zhì)譜（LC-MS/MS）憑借其高通量、高靈敏與高分辨的優(yōu)勢，已成為解析組蛋白修飾譜圖的主流手段。與ChIP-seq方法相比，LC-MS/MS無需依賴抗體識別，可同時捕捉多種修飾位點及其共存組合，具備更高的系統(tǒng)性和定量能力。詳細解析在LC-MS/MS平臺上開展組蛋白修飾分析的全流程，將有效助力研究人員實現(xiàn)更高精度的表觀遺傳研究。

一、組蛋白修飾分析樣本準備：提取高純度組蛋白

1、組蛋白修飾分析中樣本來源與預(yù)處理

（1）常用材料包括哺乳動物細胞系（HeLa、ES）、組織樣本（肝、腦）、胚胎或類器官

（2）樣本預(yù)處理應(yīng)避免使用高濃度鹽或去污劑，以防干擾后續(xù)色譜分離與質(zhì)譜檢測

2、組蛋白修飾分析中組蛋白富集方法

（1）酸提法：使用0.2 M H2SO4或0.4 N HCl處理核組分，高效釋放H2A、H2B、H3、H4

（2）堿性緩沖提取：適用于同時提取組蛋白與非組蛋白核蛋白，但需注意蛋白完整性

3、組蛋白修飾分析中質(zhì)量檢測與定量

（1）使用SDS-PAGE或Coomassie染色確認組蛋白純度

（2）推薦使用BCA法或NanoDrop測定蛋白濃度，確保后續(xù)酶解定量一致性

二、化學(xué)衍生與酶解：獲得識別性修飾肽段

1、化學(xué)衍生保護策略

（1）常規(guī)Trypsin酶易在富含Lys/Arg的組蛋白尾部產(chǎn)生短肽

（2）可先對Lys進行化學(xué)衍生（如丙?；?、苯甲?；?，屏蔽酶切位點，延長肽段長度

2、多酶聯(lián)合酶解

（1）GluC、ArgC、AspN等與Trypsin配合可產(chǎn)生覆蓋更多修飾位點的肽段

（2）Bottom-up策略適合高通量修飾譜繪制；Middle-down可用于協(xié)同修飾組合解析

3、脫鹽與上樣準備

（1）采用C18小柱或StageTip脫鹽，去除緩沖鹽和干擾物

（2）肽段溶解于0.1% FA + 2% ACN中，適配nano-LC上樣系統(tǒng)

三、LC-MS/MS分析：參數(shù)設(shè)置與檢測優(yōu)化

1、色譜分離設(shè)置

（1）使用納升液相系統(tǒng)（nanoLC），柱長15–25 cm，粒徑≤2 μm

（2）梯度洗脫通常設(shè)為90–120 min，提高肽段分辨率和峰容量

2、質(zhì)譜平臺選擇與采集模式

（1）推薦使用Orbitrap Exploris、Fusion Lumos或Q Exactive HF等高分辨儀器

（2）采集方式多選用DDA（數(shù)據(jù)yīlàicǎi集）+ PRM（目標(biāo)定量）聯(lián)合策略

3、關(guān)鍵參數(shù)推薦

（1）MS1分辨率 ≥ 60,000，MS2 ≥ 15,000

（2）碎裂方式采用HCD（高能碰撞），保留修飾特征離子

（3）動態(tài)排除時間：20–30 s，優(yōu)化低豐度修飾信號捕捉

四、組蛋白修飾分析中的數(shù)據(jù)分析：從原始譜圖到修飾譜構(gòu)建

1、數(shù)據(jù)庫搜索與修飾定位

（1）常用軟件：MaxQuant、Byonic、Proteome Discoverer等

（2）設(shè)置變量修飾（Variable Modifications）如：Acetyl[K]、Methyl[R]、Phospho[S/T]

（3）質(zhì)量偏差控制：MS1 ≤ 5 ppm，MS2 ≤ 20 ppm，確保定位精度

2、定量分析策略

（1）Label-free：適合探索性實驗，操作簡單

（2）TMT/iTRAQ：多樣本定量，適用于比較多個處理組或時間點

（3）Peak area 或 reporter ion強度用于相對定量分析

3、修飾模式解讀與生物注釋

（1）構(gòu)建修飾熱圖（heatmap）、主成分分析（PCA）揭示組間差異

（2）結(jié)合GO/KEGG富集分析，理解修飾在轉(zhuǎn)錄調(diào)控、染色質(zhì)重塑等過程中的作用

（3）與轉(zhuǎn)錄組/甲基化組數(shù)據(jù)聯(lián)動分析，挖掘多層次調(diào)控機制

五、LC-MS/MS技術(shù)下的組蛋白修飾分析的常見挑戰(zhàn)與解決方案

1、LC-MS/MS中低豐度修飾檢測難

（1）采用多酶切策略提高修飾覆蓋率

（2）結(jié)合PRM靶向檢測增強低豐度位點的信噪比

2、LC-MS/MS中同位點多修飾互相干擾

（1）Middle-/Top-down策略可解析多重修飾共存模式

（2）高分辨率譜圖聯(lián)合人工審閱驗證關(guān)鍵位點

3、LC-MS/MS中數(shù)據(jù)冗余與假陽性多

（1）嚴格設(shè)置FDR < 1%，并通過手動質(zhì)譜圖驗證高置信肽段

（2）使用多引擎聯(lián)合分析（如MaxQuant + Byonic），提升識別準確性

LC-MS/MS技術(shù)正以qiánsuǒwèiyǒu的分辨力揭示組蛋白修飾的時空動態(tài)。通過系統(tǒng)性的修飾譜分析，科研人員可在發(fā)育生物學(xué)、干細胞研究、疾病表觀調(diào)控等前沿領(lǐng)域挖掘出更深層次的生物學(xué)規(guī)律。百泰派克生物科技將繼續(xù)依托zhuānyè的質(zhì)譜平臺與經(jīng)驗豐富的技術(shù)團隊，助力您的組蛋白修飾研究快速推進，從原始數(shù)據(jù)到生物發(fā)現(xiàn)，走得更穩(wěn)、更遠。

百泰派克生物科技特色項目

一、蛋白測序

百泰派克生物科技使用Thermo公司新推出的Obitrap Fusion Lumos質(zhì)譜儀及島津公司埃德曼降解測序系統(tǒng)對dànbáizhì序列進行分析，提供基于質(zhì)譜的蛋白測序分析服務(wù)，包括對dànbáizhì的氨基酸組成分析，Nduāncèxù，Cduāncèxù和全序列分析，以及基于埃德曼降解的dànbáizhìN端序列分析服務(wù)。對于未知理論序列的dànbáizhì，提供基于從頭測序法的dànbáizhì從頭測序服務(wù)，對蛋白序列進行分析。

※服務(wù)優(yōu)勢：

1.采用目前世界上*的質(zhì)譜儀器 Obitrap Fusion Lumos;

2.可實現(xiàn)對所測定靶蛋白序列 100% 的覆蓋;

3.可測定蛋白N端多達 70個氨基酸序列;

4.可測定多種形式的樣品: 蛋白溶液、PVDF 蛋白條帶;

5.樣品用量低: 蛋白樣品僅需 5-10ug，即可完成檢測;

6.測序不受N端封閉，PEC和和糖基化等N端修飾的影響。

二、蛋白zhìzǔxué

百泰派克生物科技采用Thermo Fisher的Orbitrap Fusion Lumos質(zhì)譜平臺結(jié)合Nano-LC，提供定量蛋白zhìzǔxué、bǎxiàngdàn白zhìzǔxué、多肽組學(xué)、翻譯后修飾蛋白組學(xué)等多種蛋白zhìzǔxué分析服務(wù)。此外，百泰派克生物科技新推出基于timsTOF Pro的4D蛋白zhìzǔxué服務(wù)，助力微量樣本蛋白組學(xué)、大樣本群醫(yī)學(xué)及高通量修飾組學(xué)等研究工作。

※服務(wù)優(yōu)勢：

1 .高通量定量蛋白分析:多對照組大規(guī)模實驗分析，發(fā)現(xiàn)新的生物標(biāo)記物;

2.體內(nèi)體外多種dànbáizhì標(biāo)記方法，適用于分析組織、細胞、血液等多種樣品;

3.質(zhì)譜分析靈敏度高，實驗結(jié)果重復(fù)度高;

4.可檢測較低豐度蛋白，線性范圍廣;

5.zhuānyè生物信息學(xué)分析，分析更系統(tǒng)準確。

三、單細胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析

百泰派克生物科技采用Fluidigm質(zhì)譜流式系統(tǒng)進行單細胞質(zhì)譜流式技術(shù)分析，采用金屬元素標(biāo)記物（通常是金屬元素標(biāo)記的特異抗體）標(biāo)記細胞表面和內(nèi)部的分子，然后用流式細胞原理分離單個細胞，再用電感耦合等離子體質(zhì)譜（ICP-MS）分析單個細胞的原子質(zhì)量譜，zuì后將原子質(zhì)量譜數(shù)據(jù)轉(zhuǎn)換為細胞表面和內(nèi)部的信號分子表達量。

※服務(wù)優(yōu)勢：

1.技術(shù)*，*技術(shù)空白

采用金屬標(biāo)記抗體技術(shù)，避免了傳統(tǒng)流式熒光通道少且易相互影響的問題?？稍趩渭毎麑用嫔蠈Χ喾N指標(biāo)同時進行表征，百泰派克生物科技可做到同時檢測51個目標(biāo)蛋白。

2.分析數(shù)量大，成本較低

單細胞RNAseq受成本等因素限制，所有樣本細胞匯總的分析數(shù)目一般在2x10^4個左右，而流式質(zhì)譜技術(shù)一次（單樣本）就可分析至少10^5的細胞，實現(xiàn)了數(shù)量級的提高，且成本不高于單細胞RNAseq。

3.應(yīng)用前景大

①流式質(zhì)譜結(jié)果可以給出細胞亞群的變化，在臨床診斷、疾病機制研究等方面具有極大的研究前景；

②將金屬標(biāo)簽技術(shù)與其他技術(shù)結(jié)合會有新應(yīng)用方向。除常規(guī)蛋白外，質(zhì)譜流式細胞技術(shù)還可用于蛋白翻譯后修飾；

③可檢測細胞存活率、細胞大小、mRNA轉(zhuǎn)錄子表達量、DNA合成速率以及蛋白酶活性等。

四、基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)

百泰派克生物科技的基于高精度質(zhì)譜的免疫多肽組學(xué)分析及新抗原發(fā)現(xiàn)一站式解決方案包括我們專有的、高度敏感的免疫肽富集和鑒定方案。我們能夠幫助您實現(xiàn)10,000個以上I型多肽和10,000個以上II型多肽的鑒定和識別。通過我們優(yōu)化的高通量免疫多肽組學(xué)分析平臺進行免疫肽組學(xué)分析，可從zuì小的樣品材料中進行可重復(fù)的識別和定量。該服務(wù)可以應(yīng)用于大規(guī)模的研究，旨在助力科研工作者尋找癌癥、免疫疾病及傳染病的解決方案，深入挖掘未知的靶標(biāo)。

五、生物藥物表征

百泰派克基于高分辨率質(zhì)譜技術(shù)，MALDI TOF，高效色譜分離技術(shù)，提供一系列完善的生物藥物分析方案，從dànbáizhì、多肽、抗體、疫苗等生物制品的氨基酸組成和一級結(jié)構(gòu)分析，到產(chǎn)品變異性和純度分析。旨在提供優(yōu)質(zhì)生物藥物分析服務(wù)，幫助生物醫(yī)藥生產(chǎn)商提高生物藥物品質(zhì)。

百泰派克生物科技七大檢測平臺

百泰派克生物科技-生物制品表征，生物質(zhì)譜多組學(xué)優(yōu)質(zhì)服務(wù)商

北京百泰派克生物科技有限公司致力于為生物/制藥和醫(yī)療器械行業(yè)提供質(zhì)量控制檢測和項目驗證等zhuānyè服務(wù)。公司實驗室遵循NMPA、ICH、FDA和EMA等的法規(guī)和指導(dǎo)原則，通過CNAS/ISO9001雙重質(zhì)量體系認證，建立了完備的質(zhì)量體系，數(shù)據(jù)冷熱/異地備份，設(shè)備定期計量/期間核查，軟件審計追蹤，為客戶提供一體化解決方案和技術(shù)服務(wù)，支持新藥研發(fā)、藥物申報注冊和生產(chǎn)放行。

1.公司采用ISO9001質(zhì)量控制體系，zhuānyè提供以質(zhì)譜為基礎(chǔ)的CRO檢測分析服務(wù)；

2.獲國家CNAS實驗室認可，為客戶提供符合全球藥政法規(guī)的藥物質(zhì)量研究服務(wù)；

3.業(yè)務(wù)范圍覆蓋蛋白zhìzǔxué、多肽組學(xué)、代謝組學(xué)、生物藥物表征、單細胞分析、單細胞質(zhì)譜流式、生信云分析以及多組學(xué)生物質(zhì)譜整合分析等；

4.七大質(zhì)量控制檢測平臺，滿足您一站式服務(wù)需求；

5.服務(wù)3000+企業(yè)，10000+客戶的選擇；

6.致力于為您提供優(yōu)質(zhì)的生物質(zhì)譜分析服務(wù)!

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