在生物大分子分離領(lǐng)域，毛細(xì)管電泳儀展現(xiàn)出優(yōu)勢(shì)。其高分辨率可區(qū)分蛋白質(zhì)的電荷異構(gòu)體，例如通過(guò)毛細(xì)管區(qū)帶電泳（CZE）分離單抗藥物的電荷變異體，或利用毛細(xì)管等電聚焦（CIEF）分離等電點(diǎn)差異僅0.03的蛋白質(zhì)變異體。對(duì)于核酸分析，CE可實(shí)現(xiàn)堿基、核苷酸的高靈敏度檢測(cè)，支持DNA測(cè)序、PCR產(chǎn)物分析及蛋白質(zhì)-DNA相互作用研究。此外，膠束電動(dòng)毛細(xì)管色譜（MEKC）通過(guò)添加表面活性劑形成膠束相，可同時(shí)分離帶電和中性分子，適用于氨基酸、藥物等小分子的手性分離。相較于傳統(tǒng)液相色譜，CE具有樣品用量?。╪L級(jí)）、分析速度快（數(shù)分鐘至數(shù)十分鐘）的特點(diǎn)，且無(wú)需固定相，避免了色譜柱老化問(wèn)題，成為生物制藥、基因工程等領(lǐng)域的分析工具。