干細胞三維培養(yǎng)的優(yōu)點主要包括以下幾點：

更好地模擬細胞在體內(nèi)的生長環(huán)境：三維培養(yǎng)能夠更緊密地模仿復(fù)雜的細胞組織間相互作用以及在體內(nèi)的微環(huán)境，為細胞生長、分化提供了一個合適的微環(huán)境，并有在體外創(chuàng)造組織樣結(jié)構(gòu)的能力。

三維培養(yǎng)的干細胞呈現(xiàn)高核質(zhì)比，而且分化能力也顯著增強，趨化因子表達增加：這表明三維培養(yǎng)能夠促進干細胞的活性和功能。

適合于干細胞的定向分化：通過模擬天然微環(huán)境中發(fā)現(xiàn)的胞外基質(zhì)、維度和空間梯度進行細胞三維培養(yǎng)，不僅有助于擴大和功能的改進，而且適合于干細胞的定向分化。

增強MSCs干性：相關(guān)研究表明二維（傳統(tǒng)）干細胞培養(yǎng)不能復(fù)制真實的體內(nèi)微環(huán)境，導(dǎo)致干細胞在長期培養(yǎng)過程中干性下降；而采用三維培養(yǎng)可導(dǎo)致部分MSCs干性強于二維培養(yǎng)。

易于規(guī)?；a(chǎn)培養(yǎng)：三維培養(yǎng)模式多采用微球載體作為支架，結(jié)構(gòu)的組裝通過使用支架來實現(xiàn)，支架是一種微組織細胞支架，價格低廉，操作簡單。

結(jié)合配套的生物反應(yīng)器，在一定程度上更容易地控制和監(jiān)測生長細胞的微環(huán)境參數(shù)（溫度、通氣策略、pH和DO變化等）：同時借助在線活細胞監(jiān)測計數(shù)，減少取樣繁瑣和染菌風(fēng)險，提高細胞產(chǎn)能和保證細胞質(zhì)量。

三維培養(yǎng)細胞增殖速度相對于二維培養(yǎng)可能更快或更慢，此增殖速度更接近體內(nèi)細胞的增殖速度。

三維培養(yǎng)能夠更好的模擬體內(nèi)細胞形態(tài)學(xué)和生理學(xué)：三維培養(yǎng)的細胞對藥物及理化刺激的反應(yīng)會更接近于體內(nèi)生理狀態(tài)下的細胞，能夠獨立評估微環(huán)境的不同特征來調(diào)節(jié)組織器官發(fā)生和疾病等。

三維細胞培養(yǎng)有助于我們對復(fù)雜的生物機制進行研究：比如成骨細胞如何誘導(dǎo)為骨細胞，且這一研究過程是可重復(fù)的。

在需要進行大批量細胞培養(yǎng)時，三維培養(yǎng)干細胞在空間、人工、試劑耗材與時間上的成本要遠低于二維培養(yǎng)。