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當(dāng)前位置:北京科言儀信科技有限公司>>技術(shù)文章>>計(jì)算機(jī)輔助精液分析(CASA)算法的評估工具「1」
崔智元「1」、盧德維克·阿爾庫里「1」、萊昂納多·F·烏爾巴諾「2」、普尼特·馬松「3」、馬修·維爾米利亞「4」和摩西·卡姆「1」
計(jì)算機(jī)輔助精液分析(CASA)能夠可靠分析精液圖像,其設(shè)計(jì)目標(biāo)是處理大量圖像時(shí)保持高度一致 性、準(zhǔn)確性和可重復(fù)性。若能獲得多種條件和樣本質(zhì)量模式下的精液圖像可靠模擬,CASA算法的設(shè) 計(jì)與測試將顯著提速。
通過逼真的精液圖像模擬技術(shù),可以量化現(xiàn)有及新型CASA算法的性能表 現(xiàn)——因?yàn)槟M圖像的參數(shù)既已明確又可控。我們針對實(shí)驗(yàn)室樣本中真實(shí)二維(俯視)顯微鏡圖像中的精子細(xì)胞圖像及其運(yùn)動模式,提出了模擬模型。該模型通過四種運(yùn)動類型(線性移動、圓形運(yùn)動、過度活躍運(yùn)動和靜止不動)模擬人類精子。
這些模擬模型用于研究精子細(xì)胞的分割、定位及追蹤算法。在不同噪聲水平下測試了多種分割與定位算法,并通過精確度、召回率及*優(yōu)子模式分配(OSPA)指標(biāo)進(jìn)行對比分析。研究人員通過真實(shí)人類精液樣本圖像驗(yàn)證了模擬實(shí)驗(yàn)中獲得的分割與定位觀測結(jié)果。
以模擬精液圖像為例,展示了不同追蹤算法(最近鄰算法(NN)、全局最近鄰算法(GNN)、概率數(shù)據(jù)關(guān)聯(lián)濾波器(PDAF)及聯(lián)合概率數(shù)據(jù)關(guān)聯(lián)濾波器(JPDAF))在精子細(xì)胞追蹤中的應(yīng)用效果。通過多目標(biāo)追蹤精度(MOTP)和多目標(biāo)追蹤準(zhǔn)確度(MOTA)兩項(xiàng)指標(biāo)對追蹤性能進(jìn)行評估。
仿真模型為精液圖像處理算法的客觀評估提供了有效手段。我們還演示了新型仿真工具在評估和比較分割、定位及追蹤方法中的實(shí)際應(yīng)用價(jià)值。
該模擬軟件支持對控制模擬精液圖像外觀和行為的參數(shù)值進(jìn)行大范圍測試。用戶可生成不同特性的模擬場景,并評估不同CASA算法在這些環(huán)境中的有效性。該模擬工具被用于評估和比較精液圖像中精子細(xì)胞分割與追蹤算法的效果。
計(jì)算機(jī)輔助精液分析(CASA)系統(tǒng)及其算法始終是臨床醫(yī)生和男科學(xué)研究者關(guān)注的焦點(diǎn)「1」?,F(xiàn)代 CASA系統(tǒng)“旨在通過客觀定量的方式測量精子結(jié)構(gòu)與功能的多個(gè)維度,力求實(shí)現(xiàn)實(shí)驗(yàn)室內(nèi)部及不同實(shí)驗(yàn)室之間的高度一致性"「12」。為達(dá)成這一目標(biāo),研究者們采用了噪聲濾波、圖像分割、定位、多目標(biāo)追蹤及機(jī)器學(xué)習(xí)等技術(shù)手段「3 – 15」。
在開發(fā)和驗(yàn)證CASA系統(tǒng)時(shí),一個(gè)主要挑戰(zhàn)在于如何準(zhǔn)確評估其精液分析方法與真實(shí)標(biāo)準(zhǔn)的對比效果。要驗(yàn)證CASA系統(tǒng),必須通過具有代表性的樣本進(jìn)行驗(yàn)證。對于實(shí)際樣本而言,真實(shí)標(biāo)準(zhǔn)往往難以獲取,這就促使我們使用參數(shù)可調(diào)的高質(zhì)量圖像模擬來驗(yàn)證CASA系統(tǒng)及其算法。這類模擬不僅能助力開發(fā)自動化精液分析系統(tǒng),還能幫助不同候選算法之間進(jìn)行有效比對。
為了生成精液樣本視頻的模擬以供評估和驗(yàn)證,我們需要以下內(nèi)容:
(1)精子細(xì)胞圖像模型(用于在模擬精液圖像中生成精子細(xì)胞)。
(2)精子細(xì)胞運(yùn)動模型 ,該模型定義了精液圖像隨時(shí)間的變化規(guī)律。
精子細(xì)胞

圖1.(a)真人精液樣本圖像,(b)模擬精液樣本圖像。
本文提出的模型借鑒了針對其他細(xì)胞類型「16–21」開展的類似研究。精子細(xì)胞游動模型的開發(fā)融合了多種。
現(xiàn)有方法:
部分采用非線性運(yùn)動方程組(Armon等22及Urbano第6章4),另一些則運(yùn)用流體力學(xué)建立更精細(xì)的細(xì)胞運(yùn)動描述「23–31」。
然而,現(xiàn)有大多數(shù)細(xì)胞動力學(xué)模擬模型「25–31」尚未整合多細(xì)胞圖像——這正是CASA系統(tǒng)「32」、「33」等實(shí)際應(yīng)用中使用的典型場景。在開發(fā)和應(yīng)用相關(guān)圖像模擬技術(shù)前,必須先實(shí)現(xiàn)單細(xì)胞描述向全尺寸多細(xì)胞圖像的整合。
本文提出了精子細(xì)胞圖像模型及其四種不同游動模式(圓形運(yùn)動、線性運(yùn)動、超活躍運(yùn)動和靜止?fàn)顟B(tài))的模擬方法。這些模型的計(jì)算需求較低,可輕松整合到多細(xì)胞圖像系統(tǒng)中,生成與CASA系統(tǒng)兼 容的多種圖像格式。如圖1所示,圖a展示了200倍放大率的真實(shí)精液樣本實(shí)拍圖像,圖1b則是基于左側(cè)圖像參數(shù)生成的模擬精液圖像,兩者并排對比直觀呈現(xiàn)了模型效果。
方法

圖2.人類精細(xì)胞36的示意圖。
圖2.人類精細(xì)胞「36」的示意圖。(上)精細(xì)胞的主要成分。(下)精子頭部和中段的正面和側(cè)面視圖。
人類精子細(xì)胞(參見圖2,引自比利亞雷亞爾(2006)36)主要由頭部和鞭毛-卵黃兩部分構(gòu)成。鞭毛由中段、尾部(又稱主體)和末端三部分組成,通過波浪式擺動推動細(xì)胞前進(jìn)「37」。下文將詳細(xì)解析精子頭部與鞭毛的二維圖像,并闡述精子運(yùn)動的模型機(jī)制。
模擬精子細(xì)胞。
我們分別生成精子頭部和鞭毛的圖像,隨后將這些元素進(jìn)行整合。在構(gòu)建精子細(xì)胞頭部與鞭毛的模型時(shí),我們參照了《世界衛(wèi)生組織實(shí)驗(yàn)室 手冊》 中關(guān)于人類精液檢測與處理的描述「38」。人類精子頭部通常呈橢圓形,其尾部(即鞭*主體部分)則為均勻粗細(xì)的細(xì)長圓柱體。在我們的模擬中,僅采用尾部結(jié)構(gòu)來構(gòu)建鞭毛模型(未考慮中間段 和末端結(jié)構(gòu),因?yàn)檫@些部位在CASA系統(tǒng)使用的分辨率下通常過于微小而難以單獨(dú)觀測)。

圖3.精子圖像生成流程圖
圖3.精子圖像生成流程圖。輸入包括圖像I1、I2及點(diǎn)擴(kuò)散函數(shù)1、2、3。輸出I9為模擬精子圖像。各步驟細(xì)節(jié)分別展示于圖5、7、8、9和10。其中,圖像I7顯示精子頭部圖像(過程C輸出),圖像I8顯示鞭毛圖像(過程D輸出),圖像I9顯示精子頭部圖像(過程E輸出)。彩色條帶標(biāo)注在I 7-I9圖像旁,對應(yīng)顯示灰度強(qiáng)度值。下方彩色區(qū)域展示了模擬精子細(xì)胞的灰度圖像I9。
精子圖像生成流程的流程圖如圖3所示。該流程的輸入包括圖像I(對應(yīng)精子頭部)和圖像I2(對應(yīng)鞭毛曲線),以及點(diǎn)擴(kuò)散函數(shù)2、3。通過標(biāo)記為過程A和B的操作分別生成精子頭部中心I5和膜結(jié)構(gòu)I6的圖像。過程A的輸入是圖像I和點(diǎn)擴(kuò)散函數(shù),過程B的輸入是圖像I和點(diǎn)擴(kuò)散函數(shù)2。在過程C中,精子頭部中心I5與膜結(jié)構(gòu)I6的圖像被合并,生成最終的精子頭部I7圖像。因此,過程A-C構(gòu)成了精子頭部生成流程。最后,通過過程D使用圖像I2和點(diǎn)擴(kuò)散函數(shù)3生成鞭毛I(xiàn)8的最終圖像。最終,精子頭部I7與鞭毛I(xiàn)8的圖像在過程C中被合并。

圖4.模擬精子圖像,其中用點(diǎn)表示頭部的位置(綠色)和鞭毛的曲線(藍(lán)色)。

圖5.精子頭部(中心)圖像生成流程示意圖
圖5.精子頭部(中心)圖像生成流程示意圖。輸入為圖像I1和點(diǎn)擴(kuò)散函數(shù)1。輸出為模擬生成的精子頭部中心I5圖像。I1與I2經(jīng)卷積運(yùn)算后,通過系數(shù)C1進(jìn)行縮放處理生成I3(執(zhí)行A-1和A-2步驟)。對圖像I3進(jìn)行互補(bǔ)運(yùn)算生成I4圖像(執(zhí)行A-3步驟)。最后為圖像I4添加背景,最終得到精子頭部中心I5圖像(執(zhí)行A-4步驟)。
并生成精子細(xì)胞的完整圖像「9」。圖3中全彩模擬精子細(xì)胞圖像下方顯示了模擬精子細(xì)胞的灰度圖像。其中,I是N個(gè)像素N的圖像,

公式(1)
N表示模擬圖像的幀尺寸。

公式(2)
圖4展示了模擬精子細(xì)胞的圖像。其中綠色和藍(lán)色分別表示精子頭部位置(I1(x ,y)=255)和鞭毛軌跡(I2(x ,y)=255)的坐標(biāo)點(diǎn)。模擬中采用0到255之間的灰度值(共256個(gè)灰度級)。
下文將詳細(xì)說明五個(gè)處理流程(A-E),其流程圖分別展示在圖5、7、8、9和10中。需注意的是,I3-I9的圖像均配有編號色階條,可作為將彩色圖像轉(zhuǎn)換為灰度圖像的參考依據(jù)。
流程A:精子頭部(中心)生成(*一部分)。流程A的流程圖如圖5所示。生成精子頭部的橢圓形結(jié)構(gòu)(圖I)通過二維正態(tài)分布濾波器A-1進(jìn)行卷積處理;該濾波器作為點(diǎn) (過程,二 維的擴(kuò)散函數(shù)使用(參見Gonzalez「39」第3-5章)。點(diǎn)擴(kuò)散函數(shù)的正態(tài)分布定義為

公式(3)

圖6.精子細(xì)胞圖像生成過程中使用的點(diǎn)擴(kuò)散函數(shù);(a)1 ,(b)2 ,(c)3。
三維表面圖如圖6a所示。標(biāo)準(zhǔn)偏差σ xG和 σ yG分別控制細(xì)胞頭部的長度與寬度。
本節(jié)示例中,σ xG=1.86像素 σyG=2.86像素。
濾波器尺寸為25×25像素(x和y范圍在?12至12之間)。最終輸出圖像需通過恒定系數(shù)進(jìn)行縮放以設(shè)置

圖7.精子膜圖像生成流程示意圖
圖7.精子膜圖像生成流程示意圖。輸入為圖像I1和點(diǎn)擴(kuò)散函數(shù)2,輸出為模擬精子膜圖像I6。
I1與I2 進(jìn)行卷積運(yùn)算后,通過C1進(jìn)行縮放處理,生成I6(對應(yīng)B-1和B-2步驟)。

圖8.精子頭部圖像融合處理流程示意圖
圖8.精子頭部圖像融合處理流程示意圖。
輸入I5和I6,輸出為模擬的精子頭部I7。I5和I6相加生成I7(過程C-1)。

圖9.鞭毛生成流程圖
圖9.鞭毛生成流程圖。輸入為圖像I2和點(diǎn)擴(kuò)散函數(shù)3。輸出為鞭毛I(xiàn)7的模擬圖像。
I2與I3經(jīng)卷積運(yùn)算后,通過C3進(jìn)行縮放處理,最終生成I7(對應(yīng)過程D-1和D-2)。

圖10.精子頭部和鞭毛圖像融合過程示意圖。
圖10.精子頭部和鞭毛圖像融合過程示意圖。輸入為圖像I7和I8 ,輸出為模擬的精子細(xì)胞I9 。
I7和I8相加生成I9(過程E-1)。
峰值強(qiáng)度值設(shè)定為255,記作I3(圖5中的過程A-2)。通過調(diào)整常數(shù)控制細(xì)胞頭部的強(qiáng)度值。對圖像I3進(jìn)行補(bǔ)碼處理,生成白色背景上帶有暗橢圓形中心的圖像(過程A-3)。在過程A-4中,需添加模擬圖像的背景層。設(shè)BL為將添加到模擬圖像的背景層,其尺寸為N×N。
本節(jié)示例中假設(shè)背景均勻,每個(gè)像素值均為204(即BL(x ,y)=204,相當(dāng)于255的80%)。從圖像I4中減去255?BL的值,將所有負(fù)數(shù)置零。
最終生成的圖像記作I5 (I5=max[0 ,I 4 ?(255?B L]))。
流程B:精子頭部(膜)生成(第二部分)。流程B的流程圖如圖7所示。
在典型情況下通過觀察精子圖像樣本可以發(fā)現(xiàn),其頭部周圍存在類似光環(huán)的膜狀結(jié)構(gòu)(如圖1左圖所示,Urbano等人「3」將其稱為“馬蹄形光環(huán)")。為在圖像I中生成這種環(huán)繞細(xì)胞的光環(huán)狀結(jié)構(gòu),我們采用了改進(jìn)版的二維正態(tài)分布拉普拉斯濾波器作為第二個(gè)點(diǎn)擴(kuò)散函數(shù)。該二維正態(tài)分布拉普拉斯濾波器的定義為

點(diǎn)擴(kuò)散函數(shù)2定義為 2(x, y) = max(0, g(x, y)).
點(diǎn)擴(kuò)散函數(shù)2的生成結(jié)果如圖6b所示。標(biāo)準(zhǔn)差σ x_L和 σ y_L分別控制著細(xì)胞膜的長度與寬度。本節(jié)示例中,σ x_L=2.79像素,y_L=4.29像素。濾波器2的尺寸為25×25像素(x和y范圍在?12至12之間)。將2號點(diǎn)擴(kuò)散函數(shù)與圖像I進(jìn)行卷積運(yùn)算后,生成膜結(jié)構(gòu)圖像(過程B-1)。
隨后對輸出圖像進(jìn)行2倍的恒定縮放處理(過程B-2),將峰值強(qiáng)度調(diào)整為51(即膜結(jié)構(gòu)的峰值強(qiáng)度值,相當(dāng)于255灰度級的20%)。該膜結(jié)構(gòu)圖像標(biāo)記為I6。通過調(diào)節(jié)2的數(shù)值可控制膜結(jié)構(gòu)的亮度參數(shù)。
過程C:精子頭部形成(第三部分)。
過程C的流程圖如圖8所示。在過程C中,將精子頭部中心I5的圖像和鞭毛I(xiàn)6的圖像疊加,得到完整的精子頭部圖像,如圖8所示,并標(biāo)記為I7。
D過程:精子鞭毛生成。圖9展示了D過程的流程圖。為了生成鞭毛,將圖像2(公式2)與點(diǎn)擴(kuò)散函數(shù)3(公式6)進(jìn)行卷積運(yùn)算,生成鞭毛具有均勻口徑特征的圖像。該點(diǎn)擴(kuò)散函數(shù)3定義為高斯拉普拉斯濾波器(即當(dāng)xL=yL=σf時(shí),公式等式(4)的高斯分布)。

3D表面圖如圖6c所示。標(biāo)準(zhǔn)差σ控制鞭毛的寬度,在本節(jié)示例中σ=1.5像素。3號濾波器的尺寸為25×25像素(x和y范圍為-12至12)。
通過恒定縮放系數(shù)3,將膜結(jié)構(gòu)的峰值強(qiáng)度設(shè)定為13(約255像素值的5%)。通過調(diào)整3可控制鞭毛的強(qiáng)度。最終得到的鞭毛圖像呈現(xiàn)為一條細(xì)長的膜狀曲線,其縮放后的 圖像標(biāo)記為I8。

圖11. 四種游動模式的模擬游動軌跡
圖11. 四種游動模式的模擬游動軌跡:環(huán)形游動、直線平均游動、超活躍游動和靜止游動。色條 表示軌跡隨時(shí)間變化的顏色,運(yùn)動持續(xù)時(shí)間為4s。
過程E:精子頭部與鞭毛融合。最后,在過程E中,細(xì)胞頭部的圖像、I7以及鞭毛(I8)被添加以形成精子細(xì)胞的圖像(I9,見圖3和10)。過程E如圖10所示。
游泳模型。在本節(jié)中,我們將描述頭部和鞭毛的游泳/運(yùn)動模型。
關(guān)于精子細(xì)胞的運(yùn)動模型。這些模型描述了頭部和鞭毛的位置如何隨時(shí)間變化。這些位置定義了用于生成I(細(xì)胞頭部,等式1)和II(細(xì)胞鞭毛,等式2)的坐標(biāo)點(diǎn)。
我們將精子運(yùn)動分為以下四種游動模式:
1. 環(huán)形游泳,
2. 線性平均游動,
3. Hyperactivated
4. 不動,或死亡。
圖11顯示四種游動模式的模擬軌跡(每種模式持續(xù)4秒)。軌跡標(biāo)示了細(xì)胞頭部的位置,箭頭指示運(yùn)動方向。
圓形游動細(xì)胞和線性平均游動細(xì)胞會主動向前推進(jìn),無論是沿大圓形路徑還是線性路徑。圖11上 方展示了(1)圓形游動和(2)線性平均游動的示例,紅色箭頭指示細(xì)胞運(yùn)動方向。(3)超活化精子細(xì)胞不 會顯著偏離初始位置,其運(yùn)動被描述為“劇烈振蕩型"、“鞭打型"或“*狂"「40、41」。圖11左下角展示了此類細(xì)胞的典型示例。(4)不動運(yùn)動型定義了幾乎完*靜止的細(xì)胞(如圖11右下角所示)。
我們基于文獻(xiàn)中記錄的「3、8、29、33、42」等研究中的精子運(yùn)動軌跡,構(gòu)建了描述圓形與線性平均運(yùn)動的數(shù)學(xué)模型。對于被形象描述為“*狂"且“充滿活力" 的過度活躍游動現(xiàn)象,我們采用布朗運(yùn)動進(jìn)行建模以反映細(xì)胞運(yùn)動的隨機(jī)性特征「43」。在后續(xù)章節(jié)中,我們將對每種運(yùn)動模式進(jìn)行詳細(xì)闡述。
環(huán)形游動模型。一個(gè)表現(xiàn)出環(huán)形游動的精子細(xì)胞沿著環(huán)形路徑進(jìn)行振蕩運(yùn)動。
這種由鞭毛「33」擺動引起的運(yùn)動路徑可表示為正弦調(diào)制的圓形軌跡(圖12)。表1給出了模擬環(huán)形游動細(xì)胞頭部與鞭毛運(yùn)動的方程組。細(xì)胞頭部的二維位置由方程(7a)和(7b)確定。r_c表示整體圓形軌跡的半徑,s為圓形軌跡上的正弦調(diào)制頻率(Hz),a是圓形軌跡上的正弦調(diào)制振幅,c為圓形周期頻率(每秒周期數(shù))。C xc和ycb分別表示水平和垂直方向的偏移量。

表1. 圓形游動細(xì)胞的模擬結(jié)果
表1. 圓形游動細(xì)胞的模擬結(jié)果。(x H y H):圓形游動細(xì)胞頭部位置。
r c:圓周路徑的半徑。
a:沿圓周路徑正弦調(diào)制的振幅。
s:頻率。
在環(huán)形路徑上進(jìn)行正弦調(diào)制的頻率(Hz)。
c:環(huán)形周期的頻率(周期/秒)。
(C xc Cyc):垂直方向以及水平偏移常數(shù)。
(x TailC y TailC ):沿鞭毛中心的一組k個(gè)點(diǎn),位于環(huán)形結(jié)構(gòu)的鞭毛上。
游泳細(xì)胞。
λ :鞭毛的波長(即鞭毛起始點(diǎn)與末端之間的距離)。
R (·) :旋轉(zhuǎn)矩陣。
b (·) : 鞭毛沿其長度方向的局部振幅變化。

圖12.模擬的圓形游動細(xì)胞的運(yùn)動軌跡

圖13.
圖13.(左)圓形游動細(xì)胞模擬圖像,藍(lán)色顯示過去軌跡。(右)圓形游動細(xì)胞鞭毛的示意圖。在本例中,波 長(λ)為40像素,振幅(a)為4像素。
T_c(kt)y T_c(k))是鞭毛中心曲線上各點(diǎn)的笛卡爾坐標(biāo),其中k= 1,2,3 ,... ,M(默認(rèn)設(shè)置中 M=200)。圓形游動細(xì)胞的鞭毛遵循德雷斯納提出的精子鞭毛模型(公式8a)24。公式8a決定了鞭毛的振蕩幅度(x T_c ),而公式8b則確定了鞭毛的端到端長度(波長 λ , 即鞭毛起始點(diǎn)與末端之間的距 離)。b(k)表示沿鞭毛分布的局部振幅變化。xT_c y

針對圓形游動細(xì)胞
此處,a表示沿圓形路徑振動的正弦波振幅,而λ為鞭毛的波長。圖13展示了一個(gè)環(huán)形游動細(xì)胞的模擬鞭毛示例。左側(cè)是環(huán)形游動細(xì)胞的模擬圖像,藍(lán)色線條顯示 了其運(yùn)動軌跡。右側(cè)是一條曲線,代表該細(xì)胞的鞭毛。此示例中,振幅a為4像素,波長λ為40像素。

表2.線性平均游動細(xì)胞的模擬結(jié)果
表2.線性平均游動細(xì)胞的模擬結(jié)果。
(x H y H):精子頭部在直線運(yùn)動中的位置。
游動細(xì)胞參數(shù)設(shè)置:
(C x_L CyL):水平與垂直方向偏移量(像素)。
V:直線路徑移動速度(像素/秒)。
fl:帶狀區(qū) 域角度變化率(赫茲)。
r h r v:帶狀區(qū)域?qū)挾扰c高度(像素)。
Ahar:用戶自定義的*一諧波與第三諧波比例系數(shù)。
A c:針對設(shè)定寬度的校正常數(shù)。
帶狀結(jié)構(gòu)。
θ r:正向運(yùn)動方向(弧度)。
(x 尾部LMy尾部LM):沿中心線分布的k個(gè)點(diǎn)集合。
線性平均游動細(xì)胞鞭毛的參數(shù)。
b 1 (k) 、b 2 (k):鞭毛擺動時(shí)局部水平和垂直方向的變化量鞭毛上的振幅。
b 3 (k):鞭毛位置校正函數(shù)。

圖14
圖14.(a)模擬線性平均游動細(xì)胞的運(yùn)動軌跡(公式12-15);(b)線性平均游動細(xì)胞沿直線路徑 的帶狀振蕩運(yùn)動(公式13)
線性平均游動模型。在該模型中,精子細(xì)胞沿直線路徑移動,同時(shí)進(jìn)行側(cè)向滾動。
當(dāng)其向前推進(jìn)時(shí),這一特征會導(dǎo)致圍繞直線的帶狀運(yùn)動。用于模擬線性均速游動細(xì)胞頭部和鞭毛運(yùn)動的方程列于表2中。
我們使用公式(12-15)生成細(xì)胞頭部的運(yùn)動軌跡(沿直線路徑的帶狀運(yùn)動)。其中,沿直線路徑的位置用(x c y c)表示,而沿帶狀運(yùn)動的位置則用(P x (t) P y(t))表示。最終的運(yùn)動軌跡如圖14a所示。
直線路徑是時(shí)間t 的線性函數(shù),其初始位置為(C x_L Cy_L )。該直線路徑是從初始位置(C x_L Cy_L )到點(diǎn)(x c y c)的一段線性區(qū)段(如圖14所示)。沿此直線路徑的水平坐標(biāo)(x c y c)和垂直坐標(biāo)隨時(shí)間變化的速率分別對應(yīng)水平方向 與垂直方向的速度。

圖15
圖15.線性平均游動細(xì)胞精子鞭毛生成示例。(橙色)模擬鞭毛。(藍(lán)色)線性平均游動細(xì)胞 軌跡。
沿正向運(yùn)動的位移量 θ r(公式12) 。沿“帶狀"路徑(P x (t) P y (t))的位置由公式(13-14)生成。該帶 狀結(jié)構(gòu)如圖14b所示,其中r v表示帶高,r h為寬度。P x(t)和P y (t)是t 的周期性函數(shù)。Px(t)是一個(gè)頻率為2f
l 、振幅為...

P與 (t)之和two sinusoids of frequencies offl and 3fl and amplitudes of

and Ahar, respectively. c是 用于設(shè)定函數(shù)P y (t)振幅的校正常數(shù),如

(式14)
所得的帶狀路徑如圖14b所示。Ahar是函數(shù)P y (t)中兩 個(gè)正弦波的比值。
本文中的示例采用A har=0.1。
細(xì)胞在帶狀路徑上的位置(P x(t)y(t))乘以旋轉(zhuǎn)矩陣R (·) , 得到繞軸θr的旋轉(zhuǎn)變換(式15 ,R ( θ
鞭毛的生成通過方程(16-21)實(shí)現(xiàn)。我們采用德累斯頓模型來定義鞭毛中的水平和垂直振蕩(x o (k t)yo(k t))。其中x □(k t)和y □(k t)是時(shí)間t時(shí)k =1,2,3 ,... ,M處的離散坐標(biāo)點(diǎn)。本模擬中 M 的取值為200 。圖15展示了線性平均游動細(xì)胞的鞭毛模擬示例,藍(lán)色圓點(diǎn)表示精子頭部的連續(xù)位置,其中部分位置對應(yīng)的橙色鞭毛軌跡也一并展示。我們通過分析帶狀結(jié)構(gòu)在水平方向(P x(t)l 的基 頻2f)和垂直方向(P y(t)l 的基頻f)的振動頻率,利用方程(13)和(17)確定鞭毛運(yùn)動模式。具體 而言,x T(k t)和y T(k t)的局部振幅變化分別對應(yīng)b(ψ)和2b(k)(方程(21a)和(21b))。
函數(shù)b(k)(公式21a)是一個(gè)轉(zhuǎn)換后的S型曲線,其中α和β的值決定了函數(shù)的移位和壓縮/擴(kuò)展;
b 2 (k)(公式21b)是一個(gè)衰減指數(shù)函數(shù)。這兩個(gè)函數(shù)共同提供了理想的實(shí)際視覺效果。
我們定義從鞭毛頭部到末端的一條線段

將振蕩信號x □ (k t)和y □(k t )疊加到這條直線(方程18)上。
由于我們僅考慮了P y(t)的基本頻率分量f
最后,鞭毛會旋轉(zhuǎn)以匹配運(yùn)動方向,并移動到細(xì)胞頭部的位置(公式20) 。在本文提供的示例中, 公式(21a)、(21b)和(21c)中的常數(shù)設(shè)定為:α=22 ,β=-2 ,γ 1=5 ,γ 2= 1.5。
超活躍游泳模型。用于模擬超活體頭部和鞭毛運(yùn)動的方程式。
活躍的游動細(xì)胞數(shù)據(jù)詳見表3 。在x和y兩個(gè)維度上,每個(gè)細(xì)胞的運(yùn)動軌跡均遵循等式方程。




圖16.模擬圖像示例,其中每個(gè)細(xì)胞的軌跡用藍(lán)色表示。
靜止或死亡細(xì)胞模型。將靜止或死亡細(xì)胞模擬為非移動對象,并使用以下方程式:
不動細(xì)胞的頭部和鞭毛運(yùn)動的模型如表4所示。
在整個(gè)模擬過程中,細(xì)胞的頭部和鞭毛將保持靜止(方程25、26) 。鞭毛的生成是通過截取高活性細(xì)胞的鞭毛快照實(shí)現(xiàn)的。而不動細(xì)胞的鞭毛則使用等式(26)進(jìn)行生成。
圖16展示了模擬精液樣本的示例,其中可以觀察到四種不同游動模式的精子細(xì)胞。每個(gè)細(xì)胞的運(yùn)動軌跡均以藍(lán)色線條呈現(xiàn)。在Choi等人開發(fā)的模擬軟件(參見文獻(xiàn)「34」)中,用戶可通過調(diào)整細(xì)胞濃度、形態(tài)特征和游動模式等參數(shù),生成符合需求的精液圖像用于測試。
在圖17中,我們展示了另外3個(gè)模擬特征場景。這些模擬特征用于生成動態(tài)場景,以測試CASA算法和系統(tǒng)。
*一個(gè)功能為每個(gè)精子細(xì)胞的位置添加噪聲(示例如圖17a所示)。添加噪聲用于模擬由細(xì)胞和周 圍流體引起的隨機(jī)運(yùn)動。

圖17
圖17.(a)兩個(gè)細(xì)胞的模擬圖像,帶有加性隨機(jī)噪聲,兩個(gè)細(xì)胞的軌跡用藍(lán)色表示。本例中的隨機(jī)噪聲是高斯隨機(jī)變量。(b)精子細(xì)胞的模擬圖像,具有可變強(qiáng)度。(c)精子細(xì)胞的模擬圖像,向其他游動模式轉(zhuǎn)變。

表5.分割和定位測試的模擬參數(shù)
第二個(gè)功能模塊為每個(gè)精子細(xì)胞分配不同亮度值(示例見圖17b)。該功能旨在模擬因觀察精液樣本所用腔室或載玻片深度不同而導(dǎo)致精子細(xì)胞呈現(xiàn)差異的環(huán)境。常規(guī)精液觀察腔深10至20微米「38」。部分細(xì)胞可能游動在腔體深處,而其他細(xì)胞則靠近頂部游動,這會導(dǎo)致部分細(xì)胞呈現(xiàn)顏色暗淡現(xiàn)象。第二個(gè)功能模塊正是為了模擬這種場景而設(shè)計(jì)。精子細(xì)胞的游動模式會隨著時(shí)間推移不斷變化「32」。第三個(gè)特征是通過設(shè)定轉(zhuǎn)移概率來定義細(xì)胞從一種游動模式轉(zhuǎn)換為另一種模式的可能性。如圖17c所示案例,一個(gè)精子細(xì)胞會依次經(jīng)歷線性游動、圓周游動和超活躍游動階段。舉個(gè)具體例子:假設(shè)處于線性游動狀態(tài)的細(xì)胞在1秒后有85%的概率保持當(dāng)前狀態(tài),10%的概率轉(zhuǎn)變?yōu)閳A周游動,5%的概率轉(zhuǎn)變?yōu)槌钴S游動(完*停止游動的概率為0%)。我們在Choi等人的研究「34」中,提供了基于這三種不同功能生成的示例圖像作為說明。
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